Лама Йонтен Гиалтсо родился в бедной крестьянской семье, проживающей в селении Нгава (тибетский регион Амдо). В возрасте семи лет его отдали в один из крупнейших монастырей традиции Джонанг — Сер Гомпу, где он получал образование. В возрасте семнадцати лет Лама сдал экзамены по учениям Калачакра-тантры, завершив строгий сорокадевятидневный темный ретрит. После чего удалился в трехлетнее отшельничество, во время которого занимался практикой шести йог Калачакры. По результатам ретрита он удостоился большой похвалы со стороны своего коренного учителя Ламы Кунги Тугдже Пала, считающегося воплощением Всеведущего Долпопы.
С двадцати одного года на протяжении девяти лет Лама Йонтен Гиалтсо занимался изучением буддийской философии и теории верного познания. В течение четырех лет Лама Йонтен Гиалтсо был преподавателем в монастыре Сер Гомпа на отделении Калачакры. Затем Лама Йонтен Гиалтсо отправился в индивидуальные ретриты.
Прибыв в Индию в 1997 году, досточтимый Лама направился в монастырь Джонанг Тактен Пунцог Чолинг в Шимле (Индия), главный монастырь традиции Джонанг за пределами Тибета. Этот монастырь в свое время был дарован Богдо-гегену Халха Джецун Дамба Ринпоче IX Его Cвятейшеством Далай-ламой XIV. В течение пяти лет Лама Йонтен Гиалтсо являлся заместителем настоятеля этого монастыря. Под его руководством в монастыре была построена библиотека. Лама стал основным спонсором строительства ретритного центра для интенсивной практики шести йог Калачакры, единственными держателями которой являются мастера традиции Джонанг.
В 2003 году глава школы Джонанг, Богдо-геген Халха Джецун Дамба Ринпоче IX, признанный воплощением Таранатхи, уполномочил Ламу Йонтена Гиалтсо передавать обширное учение традиции Джонанг в России и других странах. С тех пор Лама Йонтен Гиалтсо большую часть времени находится в России, где делится знаниями и опытом со своими учениками.
В апреле 2020 года с благословения Учителя началось строительство ретритного центра Нгедон Чокор Линг в Крыму.
